本院では、1999年より国立大学病院としては画期的な試みとして集学治療病棟内に脳卒中ケアユニット（ＳＣＵ）を開設し、徳島全県より脳卒中の患者さんを24時間体制で受け入れてきました。さらに2005年6月1日より脳卒中センター（9床）として機能を高めています。
　

　現在は、診療には脳神経外科医と神経内科医があたり、放射線科医、放射線技師の協力の下、最新の画像診断がいつでも行える体制にあります。治療としては、開頭手術・血管外科、静脈内血栓溶解療法（t-PA）、急性期血栓回収療法（血行再建術）やコイル塞栓術などの血管内治療、最新の治療方法を積極的に取り入れ、良好な結果を得ています。

　また、３：１の看護体制であり、専属のリハビリテーションスタッフによる早期からリハビリテーションを開始し、本センターでの急性期治療が終了後には関連のリハビリテーション病院とスムーズに連携をとり、回復期リハビリテーションが行えるようにしています。